香港故宮的其中一個設計特色,是參考紫禁城的中軸線概念。地面、2樓及4樓分別有三個面向西九文化區、維港和大嶼山的中庭,可以讓市民遙望不同景色;地面大堂中庭的金色天花,就參照了紫禁城屋頂的琉璃瓦設計;正門入口的紅色大門有排列整齊的玻璃門釘,亦是參照了北京故宮的門釘裝飾。
香港故宮樓高7層,共有9個展廳,當中7個的展覽時間較長,約有1至2年,大部分展品來自北京故宮博物院,并有香港故宮首批藏品;另外2個展廳就會不定期舉行專題展覽,每個展覽為期3至6個月不等。